Операционный блок структурно состоит из 8 операционных: три экстренных и пять плановых. Основная часть (четыре операционные) расположены на соэтажном уровне с отделением реанимации, что обеспечивает быструю транспортировку послеоперационных больных, минуя электронно-лифтовые коммуникации. Две операционные сформированы на одноэтажном уровне с хирургическим и ЛОР отделениями.
Приёмное отделение стационара обеспечено двумя операционными для выполнения малых хирургических операций и первичных хирургических обработок. Каждая операционная сформирована по профильному назначению, что позволяет обеспечить все хирургические отделения своей территориальностью для оказания специализированной помощи детям.